Posteriores príncipes como el barón húngaro Esteban Bocskai (1605 - 1606) y el conde húngaro Gabriel Bethlen (1613 - 1629) fueron fuertes defensores del protestantismo en Transilvania y Hungría, catapultando a los húngaros a un nivel cultural, socio-político y económico de desarrollo a la par con Francia, el Imperio Germánico e Inglaterra.Ellos condujeron guerras de independencia contra los Habsburgo, e inglusive Gabriel Bethlen participó en la Guerra de los Treinta Años (1618 - 1648) apoyando la confederación protestante.
La situación religiosa en la región central del reino húngaro se inclinaba igualmente hacia el protestantismo, pues ahí eran raramente vistos los sacerdotes católicos. Los predicadores protestantes contaban con la protección de los otomanos, quienes en realidad no se entrometían en los conflicitos religiosos de los cristianos, sino que lo único que les importaba era que estos pagasen los impuestos a los turcos. Como era de suponerse, en la región del reino húngaro bajo control germánico, el catolicismo se mantuvo con gran fortaleza, y si bien los predicadores protestantes eran comunes, la influencia del rey Habsburgo no permitía su predominancia.
Esteban Bocskai
Nacido en Kolozsvár en 1557, Esteban Bocskai fue el miembro más conocido de un antiguo linaje. Fue hijo de Jorge Bocskai y Cristina Sulyok. En 1571 organizó el matrimonio de su hermana la baronesa Isabel Bocskai con Cristóbal Báthory, el capitán de la ciudad de Várad y hermano mayor del Príncipe de Transilvania Esteban Báthory. De esta forma el joven Esteban Bocskai se fue aliando con los altos poderes transilvanos. En 1576, Esteban Báthory fue electo como Rey de Polonia
y dejó el Principado para ocupar el trono polaco, pero sin renunciar al
título de Príncipe de Transilvania. Dejó a su hermano Cristóbal Báthory
regente, gobernando en su nombre, lo cual acercó más aún a Esteban al
poder. Tras la muerte de cristóbal y de Isabel, Esteban Bocskai se ocupó
de su pequeño sobrino Segismundo Báthory, quien había sido electo regente de Transilvania en 1581 a los 9 años de edad. Tras la muerte de Esteban Báthory en 1586,
Segismundo fue electo entonces como el monarca máximo de Transilvania
por la asamblea de nobles. Como principal consejero del Príncipe
Segismundo Báthory, le recomendó una alianza con el Emperador Romano Germánico frente al Imperio otomano. Realizó importantes misiones diplomáticas, con visitas frecuentes a Praga y Viena.Posteriormente según las circunstancias, la enemistad que le profesó el último Príncipe de la Casa de Báthory, quien llegó a confiscarle sus posesiones, le empujó a solicitar en 1599 protección a la Corte Imperial. Sin embargo los intentos del poder imperial de privar a la Hungría Real de su organización política y de la libertad religiosa para los protestantes, pronto llevó a Esteban Bocskai a oponerse a la autoridad imperial, especialmente después de las atrocidades cometidas por los generales imperiales Giorgio Basta y Giacomo Belgiojoso entre 1602 y 1604.
Esteban Bocskai solamente pudo disfrutar de su triunfo diplomático durante unos meses, falleció el 29 de diciembre de 1606, supuestamente envenado por su canciller Mihály Káthay, en Kassa (actual Eslovaquia), que fue descuartizado por los partidarios de Esteban Bocskai en la plaza del mercado de la ciudad mencionada.
